Економісти МЦПД негативно оцінюють наміри Міністерства транспорту та зв’язку збільшити тарифи на вантажні перевезення залізницею більш як удвічі, а ціни на квитки в купейних і спальних вагонах – на 50%. Різке підвищення тарифів Укрзалізниці може прискорити інфляцію цін виробників 2005 року на 3–6%. Збільшення цін на пасажирські перевезення, які, за даними Укрзалізниці, є збитковими, найбільше позначиться на середньому класі. Для промислових споживачів підвищення тарифів означатиме зменшення високих прибутків експортноорієнтованих підприємств гірничо-металургійного комплексу та хімічної промисловості.
Уряд має поступово звільнити Укрзалізницю від забезпечення соціальних функцій держави. Підтримання низьких цін для пасажирів за рахунок вантажних перевезень є неефективним механізмом соціального захисту населення, вважає економіст МЦПД Ільдар Газізуллін: “Занадто високий рівень перехресного субсидування спотворює економічні стимули і для населення, і для інших категорій споживачів. Ціни і тарифи на всі послуги залізниці мають максимально відповідати їхній собівартості”.
На думку економістів МЦПД, потрібно переглянути політику регулювання у транспортній сфері. Поєднання міністерством функцій корпоративного управління та регулювання призводить до конфлікту інтересів. Відокремлення цих функцій завдяки створенню незалежного регуляторного органу здатне поліпшити процедури встановлення тарифів і забезпечити кращий захист інтересів споживачів послуг монополіста, яким є Укрзалізниця. Непрозорість її діяльності зумовлює недовіру громадськості та споживачів до заяв підприємства щодо собівартості та рентабельності окремих видів його діяльності. І хоча всі визнають необхідність модернізації інфраструктури та рухомого складу, доки не буде здійснено аудит Укрзалізниці, ініціативи щодо підвищення тарифів та залучення інвестицій не будуть успішними.